Изборот на Македонската екипа за ЈBMO се врши според Правилник усвоен од УО на СММ. Составен дел на постапката за избор на екипата е завршниот натпревар, кој се одржува по ЈММО и на кој учествуваат учениците кои покажале најдобри резултати на претходните натпревари.